获奖年度	获奖名称	主要完成人	获奖类别	获奖等级	完成单位
2004/12/21	抗肿瘤候选新药沙尔威辛的作用机制研究	丁健、缪泽鸿、蒙凌华、张金生、卿晨、刘卫军等	上海药学科技奖	一等奖	中国科学院上海药物研究所
2004/12/21	丹参多酚酸盐粉针剂的研究与开发	宣利江、王逸平、徐亚明、王唯、顾云龙、孙伟康等	上海药学科技奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2004/12/19	中药雷公藤化学成分、结构优化和生物活性研究	李援朝、左建平、袁伟芳、张凡、周茹	上海市科学技术进步奖	三等奖	中国科学院上海药物研究所
2004/12/19	香菇多糖静脉注射液	方积年、屠曾宏、廖卫红、陈林祥、董群、李晓玉	上海市科学技术进步奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2004/12/18		柳红	中国化学会青年化学奖		中国科学院上海药物研究所
2004/10/15		南发俊	吴阶平－保罗·杨森医学药学奖海洋药物/药物化学专业二等奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所
2004/01/20	现代新药筛选体系和高通量筛选技术的研究及应用	叶其壮、丁健、胡国渊、南发俊、李佳、胡立宏、王明伟、朱兴族、唐希灿、左建平	国家科学技术进步奖	二等奖	中国科学院上海药物研究所、国家新药筛选中心
2003年11月		岳建民	明治乳业生命科学奖	优秀奖	中国科学院上海药物研究所
2003/12/28	基于超级计算机的生物大分子模拟、高通量虚拟筛选及相应化学和生物学研究	蒋华良、沈建华、沈旭、罗小民、柳红	上海市科学技术进步奖	一等奖	中国科学院上海药物研究所
2003/01/27	左旋千金藤啶碱对VTA-NAc-mPFC神经系统的D1激动-D2阻滞双重作用	金国章、周启霆、陈丽娟、朱子涛	上海市科学技术进步奖	一等奖	中国科学院上海药物研究所