获奖年度 获奖名称 主要完成人 获奖类别 获奖等级 完成单位
2005/11/29 玄参的化学成分和药理作用研究 黄才国、蒋山好、李医明、朱大元、李闻捷、魏善建、焦炳华 上海市科学技术进步奖 二等奖 第二军医大学、中国科学院上海药物研究所
2005/10/20 广谱型蛋白酪氨酸激酶抑制剂TKI系列化合物抗肿瘤作用与机理研究 林莉萍 德彪-CCRF中国奖　 三等奖 中国科学院上海药物研究所
2005/04/28 三七皂苷诱导造血干/祖细胞增殖分化及信号传递途径 高瑞兰、陈小红、朱大元、钱煦岱、周郁鸿、林筱洁、金锦梅 浙江省中医药科学技术创新奖 二等奖 浙江省中医院、中国科学院上海药物研究所
2004年9月 现代新药筛选体系和高通量筛选技术的研究和应用 丁健、叶其壮、胡国渊、南发俊、李佳、胡立宏、王明伟、朱兴族、唐希灿、左建平 第五届中国国际发明展览会奖 金奖 中国科学院上海药物研究所
2004年7月 柳红 中国药学会-施维雅青年药物化学奖 中国科学院上海药物研究所
2004年11月 左建平 明治乳业生命科学奖 科学奖 中国科学院上海药物研究所
2004年11月 胡国渊 国家重点实验室计划先进个人 中国科学院上海药物研究所
2004年11月 新药研究国家重点实验室 国家重点实验室计划先进集体 中国科学院上海药物研究所
2004年11月 丁健 国家重点基础研究发展计划（973计划）先进个人 中国科学院上海药物研究所
2004年10月 唐希灿 何梁何利基金科学与技术进步奖 科学与技术进步奖 中国科学院上海生命科学研究院