上海药物所的研究生教育开始于1955年，是我国科研单位培养研究生工作开展最早的单位之一。1981年被国务院学位委员会批准为首批有机化学专业、药理学专业硕士、博士及微生物学专业硕士学位授予单位，1994年被国务院学位委员会批准为自行审定博士生指导教师单位。上海药物所的研究生培养坚持高标准、严要求，在1996年国务院学位委员会组织的全国有机化学专业博士学位论文抽查评比中名列第二。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地，2000年经国务院学科评议组评审，批准为药学一级学科授予单位。

　　从1955年至1965年共招收研究生22名。1978年国家恢复研究生招生制度后，至2008年已招收培养了硕士研究生928名，博士研究生719名。目前在学研究生400余人。

　　为培养具有创新能力的新药研究专门人才，上海药物所在研究生培养的各个环节省坚持以提高质量为本，根据新药研究的发展和需要，调整优化扩展学科结构；开辟多种渠道，拓宽专业基础，在多学科交叉、融合的研究平台上培养研究生的创新能力，成为上海市研究生学位论文评估的免检单位。

　　上海药物所是药学一级学科博士学位授权单位，现有招生专业：药物化学、药理学、药物设计学、药物分析学、药剂学。