上海药物所在创新药物的基础研究和新药开发方面做出了显著成绩。80多年来，药物所共获得各类科研成果奖170余项，其中国家三大奖20项，全国科学大会奖等奖励21项，省部级奖90项；自实施中国专利法以来，共获得授权专利497项，为中国药学事业的发展作出了不可替代的贡献。　　

1998年以来，累计发表论文8300余篇，其中SCI论文5921篇，2006年以来，影响因子大于3的累计2389篇。发表的SCI论文和引用率连续多年保持全国科研机构前15名，位列全国药学院校和科研机构首位。

2015年，我所共有15项新药研发成果成功转让，合同总额达8亿元；5个1.1类新药获批临床批件，与恒瑞制药并列化药领域全国第一；利用综合性大平台的优势力量，共为企业提供新药临床前评价服务270余项，合同总额超过1.5亿元，其中一类新药的研究项目达到50多项；协助企业获得临床批件9项，其中化药1.1类新药6项。