上海药物所在创新药物的基础研究和新药开发方面做出了显著成绩。60年代以来，全所共取得200多项科研成果，获奖145 项，其中：国家三大奖17项，全国科学大会奖17项，省部级奖89项。以我所科学家为主主持撰写的专著共33部。

　　自有记载以来，我所共申请国内外专利551项，其中PCT国际申请81项；共获得专利授权120项，其中获得中国专利授权103项，国外专利授权17项。基于上述专利技术，近十年来(截止2008年10月30日)，我所共与企业签订技术转让合同30项，涉及合同金额1.8亿元，已到位经费5150万元。与国外企业签定合同10项，涉及合同金额3050万美元，目前已到位288万美元。