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新药研究方向：
重点研究抗肿瘤药物(包括以下靶点：组蛋白去乙酰酶 HADCs ， EGFR ，雌激素受体)免疫系统疾病药物，中枢神经系统药物(镇痛、戒毒、精神分裂、帕金森病、早老性痴呆)，抗骨质疏松药物，抗感染药物(包括抗菌药物、抗真菌药物、抗 HIV 药物、抗乙肝药物)，抗糖尿病药物等。
基础理论与关键技术：组合化学技术与方法，活性天然产物的全合成研究，新型有机合成方法学研究，靶向化合物的合成方法学研究，不对称合成新方法等。
主要研究成果：
药物化学研究室曾先后研发出代表我国新药研究水平的抗疟药物蒿甲醚(WHO 基本药物之一)，解毒药物二巯基丁二酸钠(1997 年被美国强生公司仿制)和抗肿瘤药物丁氧派烷(1994 年日本上市)。
药物化学研究室是我所创新药物研究的重要源头 ，抗菌药物盐酸安妥沙星已完成 所有 临床研究，正在申报新药证书，抗心率失常药物硫酸舒欣啶已进入 II 期临床研究，免疫调节药物 LLT8 和抗糖尿病药物胰岛素增敏剂 YT － 33 进入临床前研究。另外我们还发现了一系列很有希望、很有特色的新药候选化合物，这些活性化合物均申请了国际国内专利。 PDE5 选择性抑制剂 TNP034 和 059 ，有望用于治疗乳腺癌的高选择性雌激素受体配体 Y134 和有望用于治疗骨质疏松的 Y129 以及新型 噁唑烷酮类抗菌药 YCF-12 等。
在创新药研究的基础理论和关键技术研究方面，取得了一系列具有国际水平的研究成果，每年在J. Am. Chem. Soc.，J. Med. Chem.，Bioorg. Med. Chem. Lett.，Org. Lett.， J. Org. Chem. Tetrahedron LettTetrahedron,Tetrahedron: Asymmetry等 国际一类杂志上发表高水平研究论文达数十篇，有力地推动了 我国 新药研究和基础研究的持续发展。 | 
